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    数码兽生息的世界就是「数码世界」，由神秘的主计算机「世界树」管理着整个世界。

    然而数码兽们的数据量巨大化程度超过了世界树的预测，包含数码世界在内的全宇宙规模的大爆炸「数码危机(digitalhazard)」迫在眉睫。再这样下去数码世界将面临崩溃。

    数码兽的特征在于「进化」，他们会一口气让数据量肥大化并进化。让后再通过网络从数码世界外部流入信息，因此进行不规则进化的情况非常多。

    为了回避这场危机，世界树决定舍弃“旧数码世界”，重启“新数码世界”，也就是破而后立。

    于是为了删除对于新世界无用的数码兽，执行了数码兽删除程序「x程序（xprogram）」。

    这个计划被称为「方舟计划」，内容是将超负荷的数码兽全部一扫而光，只将世界树认为有必要的皇家骑士和研究对象保留。

    只要是助于数码世界发展的，为此牺牲绝大多数数码兽的生命也无所谓——世界树秉承着的就是这么看起来冷血无情的理性思维，更何况导致数码世界过载的正是数码兽本身，为此进行删减，就和人因为电脑的卡顿清除垃圾数据一样，是无可厚非的。

    就这样，主计算机世界树放出的「x程序」“删除”了数码世界全域的数码兽，并侵蚀破坏了数码世界那“丰富”的环境。

    然而……

    一些遭遇感染的数码兽（大体是自身强大的数码兽）顽强的生存了下来，数码核竟然自己摄取x程序并让构造脱胎换骨，然后诞生出对抗摄取的x程序的「抗体」并纳入到了数码核内部。

    x抗体会对数码核直接造成影响，并具有高度导出数码核内信息的能力。因此，就能够发挥潜在能力级别而言，过去的数码兽完全不能与之相提并论。

    另外，受其影响，外形也发生了脱胎换骨般的变化。

    这是由数码兽拼命想要生存下来的意志，得以产生的进化，也就是x进化。

    不过x程序终究是用来杀死数码兽，重启数码世界的，能存活下来的数码兽实在是少数，毕竟，能产生x抗体的基本都是强者，而强者，注定是少数人。

    所以很快，就有承受不住x程序压力的数码兽，开始对实力较弱的x抗体拥有者下手，而杀死它的数码兽发现，吸收了拥有x抗体的数码兽的资料后，它居然也拥有了x抗体。

    换而言之，x抗体是可以通过杀死对方来抢夺的。

    然而数码核内的x抗体持续感染x程序的话会消失。恐惧死亡,互相争夺能使自己变强的「x抗体」的弱肉强食的世界来临了。

    再次幸存下来的数码兽们一个个地逃向了x程序触及不到的「new数码世界」……

    不过世界树的应对也很简单——派出对自己效忠的数码世界保护神【皇家骑士团】进行二次清理。

    所调动的成员，是这三位。

    奥米加兽、红莲骑士兽（公爵兽）、金甲龙兽。

    其余的皇家骑士，要么缺席，要么有其他的要务处理，要么还出于休眠的状态，无法行动。

    为了主人世界树的命令，皇家骑士的“正义”，这三位皇家骑士，开始了各自的行动。

    由此，数码世界正式进入逃与杀的混乱时代中。
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